Parmi ses fonctions transversales, le CEP assure le pilotage du programme ministériel d’études : définition des thèmes prioritaires, expertise des projets venant des directions centrales ou des services déconcentrés, secrétariat du comité annuel de programmation, diffusion et valorisation des rapports. Les études financées concernent très directement les champs de compétences et les priorités stratégiques du ministère.
Les résultats produits visent à fournir des outils d’aide à la décision pour la conception et l’évaluation des politiques publiques agricoles, agroalimentaires et forestières. À partir de 2016, un appel à projets de recherche est lancé chaque année, sur un thème jugé prioritaire et réclamant l’apport d’expertises externes.